Samkvæmt þingsályktun um um aðgerðaáætlun um eflingu barnamenningar fyrir árin 2024–2028 er stjórn Miðstöðvar barnamenningar jafnframt stjórn Barnamenningarsjóðs. Ráðherra sem fer með menningarmál skipar fimm manna stjórn til fjögurra ára. Forsætisráðherra tilnefni einn fulltrúa, Samband íslenskra sveitarfélaga tilnefni einn fulltrúa, Bandalag íslenskra listamanna einn fulltrúa og ungmennaráð heimsmarkmiða Sameinuðu þjóðanna einn fulltrúa. Ráðherra skipi einn fulltrúa sem verði formaður.
Stjórn Miðstöðvar barnamenningar og Barnamenningarsjóðs er þannig skipuð: